Тело эвглены веретеновидное, заостренное на заднем конце. Снаружи покрыто оболочкой – пелликулой. В задней части имеется светлый участок. Здесь находится прозрачное ядро. Видны разбросанные в цитоплазме зеленые хроматофоры, в которых на свету идет фотосинтез. В передней части расположен жгутик, вращение которого обеспечивает движение эвглены. Вблизи основания жгутика заметно небольшое красное светочувствительное пятнышко – стигма. Рядом с ней находится сократительная вакуоль – органоид осморегуляции.